Die St. Aegidienkirche wurde ca. im 13. Jahrhundert einschiffig gebaut, jedoch erst in den Folgejahren wurde sie zu einer dreischiffigen Basilika mit erhöhtem Mittelschiff und zwei Seitenschiffen erweitert. Sie besitzt besondere historische Gegenstände aus der Barock und der Renaissancezeit (z.B. die Orgel). Sie ist die kleinste der fünf wichtigen Kirchen auf der Lübecker Altstadtinsel, allerdings weist sie mit rund 4700 Mitgliedern die größte Gemeinde auf. Sie war die Kirche der Handwerker und ist heute noch im sozialen Brennpunkt engagiert. Der 86m hohe quadratische Turm wurde 1840 restauriert und ähnelt der Marienkirche sehr. Das Mittelschiff hat eine Höhe von 15,3 m, die beiden Seitenschiffe haben eine Höhe von 11,3m. Sie ist größtenteils in Backsteingotik gebaut. Im zweiten Weltkrieg überstand die Kirche die Bomben ohne besondere Schäden.
1227 wurde St. Aegidien das erste Mal urkundlich erwähnt.
1200- 1250 wurde die einschiffige St. Aegidienkirche gebaut.
1300-1350 wurde der aufgestockte Turm und die beiden Seitenschiffe dazu gebaut.
1446 wurde der Chor fertig gebaut.
1451 wurde die erste Orgel eingebaut.
1530 wurde das erste Mal das Abendmahl in der Kirche gefeiert.
1624 wurde die heutige Orgle eingebaut, sie stammt aus der Werkstadt des Orgelbauers Hans Scherer.
1806 eine Bombe schlägt in die Kirche ein, ist jedoch ein Blindgänger.
1942 trotz der starken Luftangriffe in der näheren Umgebung der Kirche bliebt sie verschont, jedoch
gehen sämtliche Fenster, und damit die Glasmalereien, durch die Druckwellen der Bomben mit kaputt.